Svensk Kirurgi nr 2-17

105 SVENSK KIRURGI • VOLYM 75 • NR 2 • 2017 mören till lokalrecidivet är mer ovan- ligt och gör att materialet är unikt. Målsättningen med detta projekt är att analysera bröstcancervävnad från ett patientmaterial med vävnad både från primärtumören och det senare uppkomna lokalrecidivet och kombinera genanalys med prote- inanalys för att utforska mekanis- merna bakom utvecklandet av lokal- recidiv. Pådrivande mutationer Vi ka n idag ta reda på tumörens kompletta genetiska sekvens och därmed hitta olika mutationer. DNAt som aktive- ras översätts till RNA som sedan görs till proteiner. Proteinerna är slutpro- dukten och kan mätas till exempel i blodet. I en tumör bildas det många mutationer som potentiellt kan ge upphov till ökat eller minskat pro- teinuttryck som kan vara nödvändigt för tumörens tillväxt. Dock finns det även många mutationer som inte är av vikt för tumören. Man skiljer därför mellan så kallade pådrivande ( driver ) mutationer och passagerar ( passenger ) mutationer. En pådrivande mutation ger tumören en fördel på tillväxt- nivå och gör att tumörutvecklingen går framåt, medan en passagerar mutation inte bidrar till cancerut- vecklingen. Tidigare har vi inte haft möjligheten att skilja vilka av dessa mutationer som är de ”pådrivande” mutationerna eftersom den mesta forskningen bedrivs antingen på gen- nivå eller protein nivå. Vi kan idag genomföra helgenomsekvensering, det vill säga ta reda på en tumörs kompletta DNA sekvens. På protein- sidan kan vi mäta över 10 000 protei- ner med hjälp av ny teknik, så kallad DIA (data independent analysis) mass spektrometri, som även möjlig- gör att vi kan mäta förändrade protei- ner. Kombinationen av det genetiska uttrycket och proteinuttrycket för en tumör möjliggör att vi kan leta efter dessa pådrivande mutationer, och att man lättare kan hitta nya proteinför- ändringar som är produkten av våra gener som vi idag inte ha möjlighet att analysera, fig 2. Vi står inför möjligheten att identifiera bröstcancerspecifika för- ändringar med kapaciteten att hitta nya biomarkörer och identifiera nya drogmåltavlor. En förhoppning är att kunna hitta vilka som är de pådri- vande mutationerna vid utvecklingen av lokalrecidiv samt att kunna skilja på ny primärtumör från lokalreci- div. Då två tredjedelar av patienterna med lokalrecidiv fått strålbehandling kommer vi även att kunna se på effek- ten av strålbehandling. Proteinprofiler Proteinprofiler kommer dessutom att valideras med kliniskt applicerbara metoden TMA ( tissue microarray ) samt i ett insamlat blodmaterial från patienter som utvecklat lokalrecidiv. Blodproverna är insamlade från ope- rationstillfället samt årligen därefter. Målsättningen blir då att analysera proteiner som finns vid lokalrecidivet och ”spåra” de bakåt i tiden för att hitta i lägre nivåer innan uppkomsten av lokalrecidivet. Det övergripande målet med ansökan är att översätta viktiga forsk- ningsresultat för att möjliggöra för- bättring av den kliniska rutinen.  Fig 2. A/ Prov från bröstcancer vävnaden kan ge information om gener (DNA) och proteiner. B/ Kombinationen av gener och proteiner kan med hjälp av en modell få fram vilka mutationer som är C/ aktiva eller sk cancer pådrivande. Dessa gener/proteiner kan därefter veriferas i mikroskop med TMA. Fig 1. Emmas forskargrupp Breast Cancer Proteogenomics – BCPG består av forskare med bred kompetens inom olika områden, från läkare till bioinformatiker, protein och genforskare. Wallenberg Clinical Fellow