Svensk Kirurgi 4-18

204 SVENSK KIRURGI • VOLYM 76 • NR 4 • 2018 Vävnadsmarkörer Framsteg inom modern masspek­ trometri möjliggör sekvensering av tusentals proteiner i patientprover. Detta kan underlätta identifiering och kvantifiering av sjukdomsas­ socierade proteiner 6 . Traditionell proteomik baserades länge på tvådi­ mensionell gelelektrofores (2-DE). Emellertid är 2-DE en ganska mödosam process och inte lämplig för high-troughput analys. Som ett alternativ till 2-DE har bottom-up shotgun proteomics utvecklats. Shot­ gun proteomics använder ett proteo­ lytiskt enzym, såsom trypsin, för att generera peptider som kan analyseras med högupplöst masspektrometri s k nano-LC-MS/MS (Figur 3). Global proteinsekvensering Vi har utfört global proteinsekvense­ ring på vävnadsnivå och identifierat flera potentiella prognostiska biomar­ körer 7 . Bioinformatiska analyser påvi­ sade en tydlig koppling mellan dessa prognostiska proteiner och onkogena signalvägar samt också ett aktiverat stroma (tumörens mikromiljö). Med hjälp av riktad masspektrometri, s k parallel reaction monitoring (PRM), verifierade vi en panel med 25 bio­ markörer för prognostik av pankre­ ascancer, inklusive sju proteiner asso­ cierade med kort överlevnad (MMP9, MMP8, P4HA2, PRTN3, THBS1, CLIC3 och FN1) och 18 proteiner associerade med lång överlevnad (TMED4, GPD1L, SOD3, NPNT, ABHD14B, ACADSB, DHRS1, EPCAM, WDR82, HDHD2, TPPP3, CHGA, LGALS4, TTC38, COQ9, CES2, VIL1 och CLCA1). Valideringsstudier pågår med tissue microarray (TMA) och immun­ histokemi där proteinuttrycksnivå­ erna korreleras med överlevnad och respons på kemoterapi. Histonprofilering Histoner och deras relaterade PTM ingår i den epigenetiska regleringen av genuttryck och anses ha en viktig Referat Ihre-priset roll vid tumörutveckling. Med hög­ upplöst masspektrometri har vi utvärderat individuella histonvarian­ ter och histonrelaterade PTM i pan­ kreascancer och normal pankreas 8,9 . Histonvariant H1.3 visade sig vara uppreglerad vid pankreascancer, medan H2A1-B/E var nedreglerad. Den prognostiska betydelsen av H1.3 utvärderades med immunhistokemi i en extern kohort med patienter som opererats för pankreascancer. H1.3 var associerat med sämre överlevnad (Figur 4). I multivariabel Cox-regres­ sionsanalys var HR 2.6 (95% CI 1.1 - 6.1), p = 0.029. Figur 3. Strategi för proteinsekvensering med hjälp av masspektrometri 7-9 . Figur 4. Överlevnadskurva för patienter med pankreascancer stratifierat på H1.3 uttryck i tumörvävnad 9 . Vävnadsprov Extraherade proteiner Klyvning Peptider Kromatografi Easy-nLC 1000 Dataanalys Proteome discoverer mjukvara MS/MS spektrum Masspektrometri Q Exactive quadrupole Orbitrap Survival after surgery (years) Survival probability H1.3 negative H1.3 positive p = 0.010